Kamis, 04 Oktober 2018

Analisis Butana (P1)

BAB I
PENDAHULUAN
I.1. Tujuan
     Minimisasi energi konformasi butana dengan menggunakan medan gaya (Force Field) MM+.
I.2. Latar Belakang
Pada saat ini ribuan bahkan jutaan senyawa telah ditemukan oleh para ahli kimia, baik senyawa alam maupun hasil sintesis di laboratorium. Untuk senyawa dari alam seperti senyawa-senyawa organik yang ditemukan dengan jalan mengisolasi, memurnikan dan menentukan struktur molekulnya. Sedangkan untuk senyawa-senyawa hasil sintesis di laboratorium, baik senyawa organik maupun anorganik, sebelumnya dibutuhkan hipotesis yang sangat kuat untuk meramalkan apakah senyawa tersebut dapat disintesis atau tidak serta untuk menentukan struktur molekulnya. Proses-proses untuk penemuan ini membutuhkan biaya yang sangat besar dalam kurun waktu yang cukup lama bahkan bisa bertahun-tahun lamanya dan tidak sedikit yang mengalami kegagalan (Allinger,1993).
Berdasarkan kondisi di atas ahli kimia telah memperkenalkan ilmu kimia komputasi yang merupakan suatu metode berbasis komputer. Metode komputasi merupakan salah satu pilihan dalam melakukan penelitian-penelitian terhadap struktur kimia. Dengan kimia komputasi ini para ahli dapat meramalkan suatu senyawa dapat disintesis atau tidak dalam waktu yang cepat dengan biaya yang relatif murah.
Dalam kimia komputasi, energi minimisasi (juga disebut optimasi energi atau optimasi geometri) merupakan metode yang digunakan untuk menghitung konfigurasi keseimbangan molekul dan padatan. Keadaan stabil dari sistem molekuler sesuai dengan minimum global dan lokal pada permukaan energi potensial . Mulai dari equilbrium non-geometri molekul, minimisasi energi menggunakan prosedur matematika dari optimasi untuk memindahkan atom sehingga dapat mengurangi  gradien dari energi potensial pada atom sampai mereka diabaikan. Minimisasi energi mengubah geometri dari molekul ke energi yang lebih rendah dari suatu sistem dan untuk menghasilkan konformasi yang lebih stabil. Selama berlangsungnya minimisasi, akan dicari suatu strukur molekul yang tidak mengalami perubahan energi jika geometri molekul diubah dengan besaran tertentu. Hal ini berarti bahwa turunan dari energi sebagai fungsi koordinat kartesian yang sering disebut gradient berharga nol. Keadaan ini disebut sebagai titik stasioner pada permukaan energi potensial.
Jika perubahan kecil pada parameter geometri akan menaikkan energi molekul, konformasi relatif stabil dan posisi ini dinamakan dengan minimum. Jika energi lebih rendah dengan perubahan kecil pada satu atau lebih dimensi tertentu, tetapi tidak pada semua dimensi, dinamakan saddle point. Sistem molekul dapat mempunyai beberapa keadaan minimum. Satu dari keadaan minimum yang paling rendah energinya disebut energy global dan keadaan yang lain dinamakan dengan minimum lokal. Dengan perhitungan energi untuk 6 titik stasioner dari butana, dapat dibandingkan harga energi untuk menentukkan konformasi energi pada minimum global.
I.3. Tinjauan Pustaka
I.3.1. HyperChem
HyperChem adalah program simulasi dan pemodelan molekular untuk melakukan perhitungan kimia kompleks. HyperChem menyediakan fasilitas sebagai berikut: 1) Menggambar suatu molekul dan pembuatan model tiga dimensi (3D), 2) Struktur bangun protein dan asam nukleat dari residu standar. 3) Penentuan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasi dengan metoda semi-empirik dan ab initio. 4) Grafik dari hasil perhitungan kimia. 5) Perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (dengan metoda semi empiris dan ab anitio). Disamping itu tersedia pula data base dan program simulasi Montecarlo dan molecular dynamics (MD).
HyperChem juga mempunyai fasilitas‑fasilitas berupa tool yang disebut The Chemist's Developer Kit (CDK). Dengan tool ini para Kimiawan dapat dengan cepat mengkonstruksi suatu interface antara HyperChem dan program software Kimia lainnya serta fasilitas untuk membuat struktur kristal (crystal builder), molecular presentations, sequence editor, struktur penyusun gula, conformational search, QSAR properties dan script editor.
HyperChem menyediakan beberapa metoda perhitungan, yaitu:
·    MM+, AMBER, BIO+, dan OPLS force fields untuk perhitungan-perhitungan (mekanika molekuler).
·    Extended Huckel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/1 ZINDO/S semi‑empiris, dan ab initio perhitungan (quantum mechanics).
HyperChem dapat menggabungkan perhitungan-perhitungan mekanika molekuler dengan semi empiris atau ab initio mekanika kuantum untuk sistem molekuler (Allinger, 1996).
I.3.2. Kimia Komputasi
Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi, selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamic atau simulasi Metropolis Monte Carlo.
I.3.3. Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimasi geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekuler, simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.
1.      Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang ditentukan (tanpa proses optimasi)
2.      Perhitungan optimasi geometri menggunakan algoritma minimasi energi untuk mendapatkan struktur paling stabil. tersedia 5 algoritma minimasi.
3.      Perhitungan frekuensi vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi. Spektrum teroptimasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.
4.      Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung, dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem
I.3.4. Butana
Butana adalah senyawa alkana dengan rumus molekul C4H10 yang mempunyai 2 isomer (2 struktur) yaitu n-butana dengan rumus struktur CH3-CH2-CH2-CH3, dan isobutana (atau 2-metil-propana) dengan rumus struktur CH3-CH(CH3)-CH3. Keduanya merupakan gas tak berwarna, dapat dicairkan dan mudah terbakar. Butana ditemukan di alam sebagai komponen dalam minyak bumi dan gas alam. Butana digunakan sebagai bahan bakar. Selain itu, senyawa n-butana digunakan sebagai bahan mentah pada industri karet sintetik di samping sebagai bahan pendingin dan propelan aerosol.
Butana memiliki titik leleh = -138,4 °C ; titik didih= -0,5°C ; massa jenis = 0,60 g/cm3 (pada 10°C) ) untuk n-butana dan titik leleh = -159,4 °C ; titik didih= -11,7°C ; massa jenis = 0,55 g/cm3 (pada 10°C) untuk isobutana.
Struktur isomer dari butana
I.3.5. Konformasi
Dalam kimia, konformasi adalah sebuah bentuk stereoisomerisme dari molekul-molekul dengan rumus struktural yang sama namun konformasi yang berbeda oleh karena rotasi atom pada ikatan kimia. Konformer yang berbeda dapat saling berubah dengan melakukan rotasi pada ikatan tunggal tanpa memutuskan ikatan kimia. Keberadaan lebih dari satu konformasi, biasanya dengan energi yang berbeda, dikarenakan oleh rotasi hibridisasi orbital sp3 atom karbon yang terhalang. Isomerisme konformasi hanya terjadi pada ikatan tunggal karena ikatan rangkap dua dan rangkap tiga mempunyai ikatan pi yang menghalangi rotasi ikatan.
Perbandingan stabilitas konformer-konformer yang berbeda biasanya dijelaskan dengan perbedaan dari kombinasi tolakan sterik dan efek elektronik. Contoh yang sederhana terlihat pada molekul butana yang dilihat dengan menggunakan proyeksi Newman seperti pada gambar di atas. Rotamer adalah konformer yang berbeda hanya pada rotasi ikatan tunggal. Sawar rotasinya adalah energi aktivasi yang diperlukan untuk berubah dari satu konformer ke konformer lainnya.
I.3.6. Konformer butana
Terdapat dua bentuk isomerisme konformasi yang penting:
1.    Konformasi alkana linear, dengan konformer anti, tindih, dan gauche.
2.    Konformasi sikloheksana, dengan konformer kursi dan perahu.
            Contoh lain dari isomerisme konformasi adalah pelipatan molekul, di mana beberapa bentuk pelipatan stabil dan fungsional, namun yang lainnya tidak. Isomerisme konformasi juga terlihat pada atropisomer. Konformasi tidak hanya berlaku pada strruktur alifatik tetapi juga pada struktur siklik. Yang menarik dari konformasi struktur siklik dapat di pelajari dari model molekul sikloheksana. Dua konformasi ekstrem yang dapat dibuat adalah konfromasi kursi dan konformasi perahu.
I.4. Prosedur Kerja
a.       Pemilihan medan gaya
Sebelum menggambarkan dan menjalankan optimasi dengan mekanika molekular, kita harus memilih medan gaya mekanika molekular yang tersedia pada program HyperChem. Medan gaya berisi jenis atom dan parameter yang harus ditandakan pada molekul sebelum kita menjalankan perhitungan mekanika molekular. Sebagai contoh, kita memilih madan gaya MM+.
Untuk memilih medan gaya (1) pilih Molecular Mechanics pada menu Setup, (2) jika kotak dialog muncul, pilih MM+.
b.      Menggambar Butana
Bentuk butana pertama yang harus dibuat adalah bentuk eklips yaitu sudut dihedral CCCC sebesar 0o. Untuk membuat bentuk eklips dilakukan langkah sebagai berikut :
1.      Atur Default Element pada karbon dan dapatkan dalam mode Draw.
2.      Atur level pilihan pada atoms.
3.      Pilih Labels pada menu Display dan beri label atom dengan nomor.
4.      Yakinkan bahwa Explicit Hydrogens pada keadaan tidak aktif (pada menu Build).
5.      Gambarkan strukur 2D dengan mengklik dan menggeser sedemikian hingga keempat karbon terhubungkan.
6.      Pilih Add H & Model Bulid pada menu Build
Model Builder akan membentuk konformasi anti dari butan sebagai struktur default dengan sudut dihedral CCCC sebesar 180o. Kita ingin mengubahnya menjadi sudut 0o dengan cara berikut:
7.      Kembali ke dalam mode Selection.
8.      Yakinkan bahwa Multiple Selection dalam keadaan aktif.
9.      Pilih sudut torsi 4-atom dengan memilih ikatan dengan urutan 1-2, 2-3, dan 3-4.
10.  Pilih pengaturan Bond Torsion pada menu Build, dan atur Bond Torsion pada 0o dan tekan OK.
11.  R-klik pada area yang kosong pada bidang kerja.
12.  Klik ganda pada Selection sebagai ganti dari Model Builder. Hyperchem akan menentukkan struktur baru dengan Bond Torsion sesuai yang telah ditentukkan.
c.       Optimasi struktur
Langkah berikutnya adalah meminimisasi struktur dengan menjalankan optimasi mekanika molekular dengan melakukan langkah berikut:
13.  Pilih Compute.
14.  Pilih Single Point.
15.  L-klik pada OK untuk menutup kotak dialog dan memulai perhitungan.
Perhitungan dimulai dan informasi tentang molekul akan muncul di baris status. Setelah beberapa menit, program akan selesai. Catat energy dengan melakukan perhitungan Single Point pada struktur yang telah tergambar. Perhitungan ini akan memberikan energi molekul tanpa optimasi dengan sudut ikatan dihedral eksak. Ukur sudut dihedral CCCC dan catat hasilnya.
16.  Optimasi struktur dengan memilih Compute dan kemudian Geometry Optimization.
17.  L-klik pada OK untuk memulai perhitungan. Catat energi teroptimasi dan sudut ikat dihedral CCCC. Cetak struktur dan lampirkan pada lembar laporan.
18.  Kembali ke langkah 9 dan ulangi proses untuk sudut ikat dihedral 60o, 120o, 180o, 240o, dan 300o. Lengkapi lembar jawaban yang tersedia.

BAB II
HASIL DAN PEMBAHASAN
II.1. Hasil Percobaan
II.1.1. Data Hasil Percobaan
Dari perhitungan optimasi geometri yang dilakukan terhadap sistem yang diamati, didapatkan hasil perhitungan optimasi geometri berupa energi single point, sudut dihedral, energi teroptimasi dan sudut dihedral teroptimasi yang dapat dilihat dalam tabel berikut ini: 

II.2. Pembahasan
Dari tabel data hasil percobaan di atas dapat dilihat bahwa perbandingan energi single point dengan energi geometri optimasi dalam setiap kasus perbedaannya tetap ada. Untuk sudut dihedral 00, energi single point sebesar 18,823595 kkal/mol. Sedangkan pada energi teroptimasi energinya sebesar 6,900749 kkal/mol. Untuk sudut 60-120 besar energi single point tidak terlalu signifikan tidak sama dengan sudut 180, dan pada sudut 240-300 energinya hampir sama dan tidak terjadi perbedaan yang signifikan. Fakta ini sangat diharapkan.  Gambar proyeksi Newman butana sebagai berikut:
Teori atom karbon tetrahedral dan struktur benzene memberikan fondasi teori struktur senyawa organik. Namun, van’t Hoff dan kimiawan lain mengenali bahwa masih ada masalah yang tersisa dan tidak dapat dijelaskan dengan teori karbon tetrahedral. Masalah itu adalah keisomeran yang disebabkan oleh adanya rotasi di sekitar ikatan tunggal.
Bila rotasi di sekitar ikatan C-C dalam 1,2-dikloroetana CH2ClCH2Cl terbatas sebagaimana dalam kasus asam fumarat dan maleat, maka akan didapati banyak sekali isomer. Walaupun van’t Hoff awalnya menganggap adanya kemungkinan seperti itu, ia akhirnya menyimpulkan bahwa rotasinya bebas (rotasi bebas) karena tidak didapati isomer rotasional akibat batasan rotasi tersebut. Ia menambahkan bahwa struktur yang diamati adalah rata-rata dari semua struktur yang mungkin.
Di tahun 1930-an dibuktikan dengan teori dan percobaan bahwa rotasi di sekitar ikatan tunggal tidak sepenuhnya bebas. Dalam kasus etana, tolakan antara atom hidrogen yang terikat di atom karbon dekatnya akan membentuk halangan bagi rotasi bebas, dan besarnya tolakan akan bervariasi ketika rotasi tersebut berlangsung. Gambar (a) adalah proyeksi Newman etana, dan Gambar (b) adalah plot energi-sudut torsi.
Gambar: Analisis konformasional
Dalam gambar (a) (proyeksi Newman), Anda dapat melihat molekul di arah ikatan C-C. Atom karbon depan dinyatakan dengan titik potong tiga garis pendek (masing-masing mewakili ikatan CH) sementara lingkaran mewakili arom karbon yang belakang. Keseluruhan gambar akan berkaitan dengan proyeksi molekul di dinding di belakangnya. Demi kesederhanaan atom hidrogennya tidak digambarkan (b) Bila sudut torsinya 0°, 120°, 240° dan 360°, bagian belakang molekul “berimpitan” eclipsed dengan bagian depan. Bila anda menggambarkan proyeksi Newman dengan tepat berimpit, anda sama sekali tidak dapat melihat bagian belakang. Secara konvensi, bagian belakang diputar sedikit agar dapat dilihat.
Bila sudut rotasi (sudut torsi) 0°, 60°, 120° dan 180°, energi molekul kalau tidak maksimum akan minimum. Struktur (konformasi) dengan sudut torsi 0° atau 120° disebut dengan bentuk eklips, dan konformasi dengan sudut torsi 60°atau 180° disebut bentuk staggered. Studi perubahan struktur molekular yang diakibatkan oleh rotasi di sekitar ikatan tunggal disebut dengan analisis konformasional. Analisis ini telah berkembang sejak tahun 1950-an hingga kini.
Analisis konformasional  butana CH3CH2CH2CH3 atas rotasi  di sekitar ikatan  C-C pusat, mengungkapkan bahwa ada dua bentuk staggered. Bentuk trans, dengan dua gugus metil terminal di sisi yang berlawanan, berenergi 0,7 kkal/mol lebih rendah (lebih stabil) daripada isomer gauche yang dua gugus metilnya berdekatan.
Berikut adalah diagram energi untuk rotasi dari suatu konformer dengan lainnya sebagai fungsi sudut dihedral.
Grafik Energi vs Sudut dihedral
Untuk menghitung meregangkan ikatan dan sudut ikatan kontribusi energi sterik, nilai acuan ditugaskan untuk seluruh panjang ikatan struktur dan sudut, dan hukum Hooke diterapkan pada penyimpangan dari nilai-nilai referensi. Demikian pula kontribusi (atau dihedral) torsi timbul dari penyimpangan dari sudut dihedral optimum (600 atau 1800 untuk sp berikat 3 karbon). Van der Waals jangka mencerminkan (untuk setiap pasangan dari atom-atom non-terikat dipisahkan oleh setidaknya tiga obligasi) potensi yang berkaitan dengan perbedaan antara jarak interatomik dan jumlah jari-jari van der Waals. Istilah elektrostatik dapat dihitung dengan menetapkan momen dipol ke semua obligasi dan menghitung interaksi dipol ini menggunakan hukum Coulomb.
Satu fitur biasanya dianggap asosiasi (sudut, jarak interatomik, dan polaritas ikatan) dari struktur dioptimalkan dengan nilai-nilai setidaknya lima komponen energi sterik struktur itu. Misalnya, jika ikatan antara sp3 karbon berbeda secara signifikan dari 1,523 Å, istilah peregangan akan relatif tinggi. (Meskipun istilah energi seperti "torsi tidak benar" atau "stretch tikungan" (istilah salib) tidak setuju untuk jenis analisis ini, istilah-istilah ini jarang memberikan kontribusi yang signifikan dengan energi sterik yang relatif molekul sederhana.)
Struktur senyawa karbon terutama ditentukan oleh keadaan hibridisasi atom karbon yang terlibat. Bila banyak konformasi dimungkinkan oleh adanya rotasi di sekitar ikatan tunggal, konformasi yang paling stabil akan dipilih.
Bila molekulnya memiliki sisi polar, faktor lain mungkin akan terlibat. Interaksi tarik menarik antara sisi positif dan negatif akan mengakibatkan struktur dengan halangan sterik terbesar lebih stabil.





BAB III
PENUTUP
III.1. Kesimpulan
            Dari pendahuluan serta hasil dan pembahasan diatas, maka dapat disimpulkan:
1.    Minimisasi energi merupakan metode yang digunakan untuk menghitung konfigurasi keseimbangan molekul dan padatan .
2.    Untuk sudut dihedral 00, energi single point sebesar 18,823595 kkal/mol. Sedangkan pada energi teroptimasi sebesar 6,900749 kkal/mol.
3.    Struktur (konformasi) dengan sudut torsi 0° atau 120° disebut dengan bentuk eklips, dan konformasi dengan sudut torsi 60°atau 180° disebut bentuk staggered.
III.2. Saran
Saran yang dapat praktikan berikan untuk Laboratorium Kimia Komputasi, yaitu mohon kepada Kepala dan Pengelola Laboratorium Kimia Komputasi agar pada praktikum selanjutnya untuk dilengkapi komputer karena banyak yang mengalami kerusakan. Hal ini, tentu mengakibatkan praktikan mengalami kesulitan pada saat praktikum berlangsung.               






DAFTAR PUSTAKA
·         Penuntun Praktikum Kimia Komputasi, Jurusan Kimia FMIPA, Universitas Pattimura Ambon, 2015.
·         Arsyad, M. Natsir.2001.Kamus Lengkap Kimia.Jakarta:Gramedia
·          Jensen, Frank, 2007, Introduction to Computational Chemistry, John Wiley and Sons Inc, New York.
·         Pranowo, Harno Dwi, 2001, Pengantar Kimia Komputasi, Jurusan Kimia Fakultas MIPA UGM, Yogyakarta.

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

Analisis Butana (P1)

BAB I PENDAHULUAN I.1. Tujuan      Minimisasi energ i konformasi butana dengan menggunakan medan gaya (Force Field) MM+. I.2. Lata...